De oudste kerk van Wilsum is de, van oudsher Roomse kerk, die vroeger was geweid aan de heilige Lambertus. Vanaf de reformatie ging het over in de Nederduitsche gemeente wat tegenwoordig de Nederlands Hervormde kerk is, deze is tevens de oudste van Overijssel.
In 1890 werd de oude Gereformeerde kerk gebouwd, welke in 1899 officieel dienst ging doen als kerk. In 1955 werd de huidige kerk gebouwd aan de Dorpsweg.